El papel principal del filtro en la mayoría de las peceras es proporcionar un lugar donde las bacterias vivan y transformar los productos de desecho de los peces en formas menos dañinas. Los peces básicamente excretan amoníaco a través de sus branquias en el agua y las bacterias extraen energía del amoníaco convirtiéndolo en nitrito o, en última instancia, en nitrato. El nitrito se convierte en nitrato, eventualmente. El nitrato solo sale de la pecera cuando cambia el agua.
La efectividad del filtro se basa en gran medida en la cantidad de área de superficie presente en el filtro para que las bacterias vivan, no en la velocidad de flujo. Se requiere un flujo moderado para asegurarse de que las bacterias estén continuamente expuestas a los productos de desecho disueltos en el agua del acuario.
La forma de determinar si el filtro es adecuado es ver si los peces muestran angustia, como agresión adicional, nadar cerca de la superficie o de costado, o morir. Si estos problemas se alivian después de un cambio de agua modesto (~ 40%), entonces su filtro no es lo suficientemente grande o no está cambiando el agua con la frecuencia suficiente. Cambio el agua ~ 40% cada dos semanas.
La oxigenación del agua no debería ser un problema: se difundirá en el agua a través de la superficie mucho más rápido de lo que puede ser utilizado por los peces.
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